Nas duas últimas décadas, José Rui Teixeira desenvolveu uma intensa atividade académica na Universidade Católica do Porto:
— foi docente da Escola das Artes;
— colaborou com as Faculdades de Teologia, Direito, Ciências da Saúde e Enfermagem e com a Escola Superior de Biotecnologia;
— fundou e dirigiu a Universidade Católica Editora – Porto.
Dirige, desde 2013, a Cátedra Poesia e Transcendência – Sophia de Mello Breyner Andresen.

Nesse período, integrou cinco centros de investigação:
— Centro de Estudos do Pensamento Português [CEPP / UCP];
— Centro de Investigação Transdisciplinar Cultura, Espaço e Memória [CITCEM / FLUP];
— Centre de Recherches Interdisciplinaires sur les Mondes Ibériques Contemporains [CRIMIC / Université Paris-Sorbonne];
— Centro de Estudos Filosóficos e Humanísticos [CEFH / UCP];
— Centro de Investigação em Teologia e Estudos de Religião [CITER / UCP].
Integrou ainda o conselho científico do Instituto de Pensamiento Iberoamericano [Universidad Pontificia de Salamanca].

É membro de quatro associações:
— Asociación Latinoamericana de Literatura y Teología;
— European Society for Catholic Theology;
— Associação Portuguesa de Antropologia;
— Associação Portuguesa dos Críticos Literários.

Colabora regularmente com os Institutos Camões e Cervantes.
Coordena o observatório TEOTOPIAS.
Integra a rede internacional de cátedras, centros de investigação e associações galegas e lusófonas: JANGADA.

Entre os encontros académicos e literários que organizou/coordenou, destacam-se:
— colóquio internacional POESIA E TRANSCENDÊNCIA [UCP Porto: 2015 e 2017];
— jornadas de CULTURA HISPANO-PORTUGUESA [Universidade Pontificia de Salamanca: 2016, 2018 e 2022];
— colóquio internacional TEOTOPIAS [UCP Porto: 2019, 2021, 2023 e 2025];
— encontro literário POETA À SOLTA [Theatro Gil Vicente e Biblioteca Municipal de Barcelos: 2022, 2023, 2024 e 2025];
— ciclo [CON]TEXTUALIDADES [Casa Comum / Reitoria da Universidade do Porto: 2024-25];
— ciclo LER PASCOAES [Lugar Saudade / Casa da Cadeia, Amarante: 2025-26].

Projetos de curadoria:
— exposição TEIXEIRA DE PASCOAES: ENTRE RUÍNAS E FANTASMAS [Lugar Saudade / Casa da Cadeia, Amarante: 2025];
— programa VERSO LIVRE [Casa Fernando Pessoa, Lisboa: 2025].