Nas duas últimas décadas, José Rui Teixeira desenvolveu uma intensa atividade académica na Universidade Católica do Porto: foi docente da Escola das Artes; colaborou com as Faculdades de Teologia, Direito, Ciências da Saúde e Enfermagem e com a Escola Superior de Biotecnologia; fundou e dirigiu a Universidade Católica Editora – Porto. É, desde 2013, diretor e presidente do Conselho Científico da Cátedra Poesia e Transcendência – Sophia de Mello Breyner Andresen.

Nesse período, na condição de investigador, integrou o Centro de Estudos do Pensamento Português [CEPP / UCP], o Centro de Investigação Transdisciplinar Cultura, Espaço e Memória [CITCEM / FLUP], o Centre de Recherches Interdisciplinaires sur les Mondes Ibériques Contemporains [CRIMIC / Université Paris-Sorbonne], o Centro de Estudos Filosóficos e Humanísticos [CEFH / UCP] e o Centro de Investigação em Teologia e Estudos de Religião [CITER / UCP]. Integrou ainda o Conselho Científico do Instituto de Pensamiento Iberoamericano da Universidad Pontificia de Salamanca.

Colabora com os Institutos Camões e Cervantes. Coordena o observatório TEOTOPIAS. Integra a rede internacional de cátedras, centros de investigação e associações galegas e lusófonas: Jangada. É membro da Asociación Latinoamericana de Literatura y Teología [Pontifícias Universidades Católicas de Buenos Aires, do Rio de Janeiro e de Santiago do Chile], da European Society for Catholic Theology, da Associação Portuguesa de Antropologia e da Associação Portuguesa dos Críticos Literários.