Para além dos mais de setenta artigos publicados em revistas científicas e culturais, capítulos de livros, prefácios ou posfácios, José Rui Teixeira publicou os seguintes livros em contexto académico:

Os versos de luz por escrever. Vida e obra de Guilherme de Faria. Maia: Cosmorama, 2013. Prefácio de Maria João Reynaud.

O vazio que persiste à minha beira. Sobre o lugar de Deus na poesia contemporânea. Porto: Cátedra Poesia e Transcendência [UCP], 2013.

Acerca do desterro. Hermenêutica literária e arqueologia cultural. 1.ª ed. — Maia: Cosmorama, 2018; 2.ª ed. — Maia: Cosmorama, 2020.

Vestigia Dei. Uma leitura teotopológica da literatura portuguesa. 1.ª ed. — Maia: Cosmorama, 2019; 2.ª ed. — Porto: Officium Lectionis, 2022 [prefácio de Gonçalo Cordeiro].

Ofício de morrer. O corpo, a morte e a saudade de Deus na poesia de Daniel Faria. Maia: Cosmorama, 2020 [seguido de “Prepara um ramalhete de mirra”, de José Nuno Ferreira da Silva].

Entre a ínsula e a península. Subsídios para uma contextualização histórico-cultural do iberismo. 1.ª ed. — Porto: Officium Lectionis, 2021 [posfácio de Jordi Cerdà]; 2.ª ed. — Porto: Officium Lectionis, 2024 [prefácio de Esther Paniagua].

Instante em perda. Encruzilhadas da literatura portuguesa contemporânea. Porto: Officium Lectionis, 2022 [posfácio de Maria de Lourdes Pereira].

Mariae Luciae a Iesu et a Corde Immaculato. Biographia ex documentis. In “Beatificationis et Canonizationis Servae Dei Mariae Luciae a Iesu et a Corde Immaculato. Positio super vita, virtutibus et fama sanctitatis”, Roma: Dicasterium de Causis Sanctorum, 2022, pp. 1313-1755.

Tríptico. Leitura da poesia de Daniel Faria. Porto: Officium Lectionis, 2023 [pinturas de Agostinho Santos].

Furusato. O Japão de Valter Hugo Mãe: uma antropologia da reiteração poética. 1.ª ed. — Porto: Officium Lectionis, 2023; 2.ª ed. — Porto: Officium Lectionis, 2024 [seguido de narrativa imagética de Tomás Guerrero].

Escrevo à sombra do som da morte. Ensaio para um monólogo sobre Rui Nunes. Porto: Officium Lectionis, 2023 [edição trilingue: português, espanhol e catalão].

Equinócio de outono. Dispersos. Porto: Officium Lectionis, 2024.

Sophia. Trazida ao espanto da luz. Porto: Officium Lectionis, 2024 [com Arnaldo de Pinho e Valter Hugo Mãe].