José Rui Teixeira integra o Centro de Investigação em Teologia e Estudos de Religião [UCP Lisboa], o Centro de Estudos Filosóficos e Humanísticos [UCP Braga] e o Centre de Recherches Interdisciplinaires sur les Mondes Ibériques Contemporains [Université Paris-Sorbonne].
Integra o Conselho Científico do Instituto Superior de Pensamiento Iberoamericano [Universidad Pontificia de Salamanca] e a Asociación Latinoamericana de Literatura y Teología [Pontificia Universidad Católica Argentina, Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro e Universidad Pontificia Católica de Chile].
Entre 2006 e 2015 foi investigador do Centro de Estudos do Pensamento Português [UCP Porto].
Entre 2008 e 2012, integrou o Centro de Investigação Transdisciplinar Cultura, Espaço e Memória [FLUP]. Durante esse período foi bolseiro da Fundação para a Ciência e a Tecnologia [FCT], no âmbito da investigação que desenvolveu sobre a vida e obra do poeta Guilherme de Faria, no contexto do doutoramento em Literaturas e Culturas Românicas [FLUP].
Na condição de diretor e presidente do Conselho Científico da Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto], coordena dois grupos de investigação: MNEMOSINE e DE PROFUNDIS.

Dedica-se fundamentalmente ao estudo de temas e autores no âmbito da História da Cultura e da Literatura em Portugal: intercontextualidades e intertextualidades nos diálogos com o pensamento filosófico-teológico, do romantismo aos nossos dias.
Interessa-se ainda por temáticas no âmbito da história da cultura e da arte, do humanismo cristão, da poesia portuguesa contemporânea e das relações entre poesia e transcendência, temáticas sobre as quais tem pronunciado inúmeras conferências e comunicações, e escrito e publicado vários ensaios.

Projetos de investigação/edição em curso:
¬ “A vida é um simulacro. Leituras de «Húmus» de Raul Brandão e de «Grito» de Rui Nunes». Centenário da edição de «Húmus» de Raul Brandão. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto].
¬ “Ibéria e Iberismo: acerca dos projetos de união ibérica”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Instituto Superior de Pensamiento Iberoamericano [Universidad Pontificia de Salamanca].
¬ “Insónia: José Antonio Ramos Sucre [1890-1930]”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto].
¬ “Actos e Actas: Leonel Oliveira [1934-2015]”.
¬ “A expressão poética no contexto histórico-cultural do Integralismo Lusitano: António Sardinha [1887-1925], Alberto Monsaraz [1889-1959], José Bruges d’Oliveira [1899-1952] e Guilherme de Faria [1907-1929]”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto].

Projetos de investigação/edição 2014-2017:
¬ “Acerca do desterro: hermenêutica literária e arqueologia cultural. Interrogações sobre a condição humana e a questão de Deus na poesia portuguesa desde o romantismo: teias contextuais, intertextuais e intratextuais”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Centro de Estudos Filosóficos e Humanísticos [UCP Braga]. Edição: «Acerca do desterro. Hermenêutica literária e arqueologia cultural» [Cosmorama Edições, 2017].
¬ “Joaquim de Araújo. Lâmpada apagada cujo ouro brilha no escuro pela memória da extinta luz”. Centenário da morte de Joaquim de Araújo [1917-2017]. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto]. Edição: Joaquim de Araújo, «Constelações no azul magoado» [Cosmorama Edições, 2017].
¬ “António Pedro. Em mansamente dolorida ausência e uma saudade mansíssima: os primeiros vinte anos e a poesia dos anos vinte”. Cinquentenário da morte de António Pedro [1966-2016]. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto]. Edição: António Pedro, «Poesia [1926-1929]» [Cosmorama Edições, 2016].
¬ “Um modo de ter amar dentro do tempo. Sobre a saudade de Deus na poesia de Daniel Faria”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Asociación Latinoamericana de Literatura y Teología [Pontificia Universidad Católica Argentina, Buenos Aires].
¬ “Fronteiras invisíveis. Manuel Laranjeira e Miguel de Unamuno: sobre o desterro e a vertigem suicidária na cultura portuguesa”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Instituto Superior de Pensamiento Iberoamericano [Universidad Pontificia de Salamanca].
¬ “Qualquer coisa de intermédio. Da estesia à astenia: o sono abúlico, a morte e outras derivas intertextuais na poesia de Mário de Sá-Carneiro”. Centenário da morte de Mário de Sá-Carneiro [1916-2016]. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Centre de Recherches Interdisciplinaires sur les Mondes Ibériques Contemporains [Université Paris-Sorbonne].
¬ “Aquela espécie de mulheres que estão sempre na margem daquilo a que pertencem. O caso de Judith Teixeira”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Centre de Recherches Interdisciplinaires sur les Mondes Ibériques Contemporains [Université Paris-Sorbonne].
¬ “Poetas-filósofos ou filósofos-poetas? Disforia histórico-cultural no contexto português: entre Antero de Quental e Teixeira de Pascoaes”. Cátedra Poesia e Transcendência [UCP Porto] e Instituto Superior de Pensamiento Iberoamericano [Universidad Pontificia de Salamanca].